Die Stiftung zur Förderung der Hochschulrektorenkonferenz ist der Rechts- und Finanzträger der HRK. Ihr Zweck besteht darin, das Personal und die sachlichen Mittel zur Erfüllung der Aufgaben der HRK bereitzustellen. Den Vorstand der Stiftung bilden der HRK-Präsident als Vorsitzender, die neun Vizepräsidenten und der Generalsekretär der HRK.
Geschäftsführerin der Stiftung ist Frau Monika Dilba.
Das jährlich zur Verfügung stehende Haushaltsvolumen der Stiftung zur Förderung der HRK beläuft sich auf circa 5,3 Millionen €. Die Mittel werden im wesentlichen durch Zuschüsse der Länder, handelnd für ihre Hochschulen, und des Bundesministeriums für Bildung und Forschung sowie durch Mitgliedsbeiträge privater Hochschulen aufgebracht. Für zeitlich befristete Projekte kann die Stiftung Drittmittel einwerben.
Die Organe der Stiftung sind der Vorstand, der Beirat sowie die
HRK-Mitgliederversammlung. Beirat und Mitgliederversammlung haben eher beratende bzw. kontrollierende Funktionen.