Die EUA ist die größte Hochschulvertretung auf europäischer Ebene. Sie nimmt Universitäten und andere forschungsstarke Hochschulen sowie nationale Rektoren- konferenzen als Mitglieder auf. Mitglieder können Einrichtungen aus ganz Europa
gemäß der Definition des Europarats werden.
Seit der Gründung der EUA ist die HRK institutionelles Mitglied und wirkt aktiv an den Meinungsbildungsprozessen in den Gremien der EUA mit. Dies gilt insbesondere für den Council der EUA, der aus den Vorsitzenden der nationalen Rektorenkonferenzen
und dem Board (Vorstand) der EUA gebildet wird.
Die EUA ist ein wichtiger Ansprechpartner der EU-Kommission, die auch die Mehrzahl
der Projekte der EUA zu Hochschulfragen finanziert.
Die HRK arbeitet ständig in der Arbeitsgruppe Forschungs- und Innovationspolitik der EUA (Research and Innovation Strategy Group) mit.
Mit dem „Council of Doctoral Education“ hat die EUA eine Tochterorganisation geschaffen, die allen Hochschulen und Organisationsstrukturen von Hochschulen zur Mitgliedschaft offen steht, die sich mit der Promotionsphase auf europäischer Ebene beschäftigen wollen.
Zurzeit hat die EUA 35 Rektorenkonferenzen und 759 Hochschulen als Vollmitglieder . Dazu gehören 64 deutsche Universitäten und 40 deutsche Fachhochschulen/Hochschulen für Angewandte Wissenschaften (Stand: Dezember 2023).
Deutsche Hochschulen sind auch in anderen europäischen Hochschulverbünden mit übergreifendem Anspruch aktiv.