Die meisten Landesverfassungen gestehen den Hochschulen das Recht der Selbstverwaltung im Rahmen der Gesetze zu. Die Hochschulen brauchen aber daneben Handlungsfreiheit, Flexibilität und Planungssicherheit, um im globalisierten Wettbewerb dauerhaft zu bestehen. Daher ist unter Hochschulautonomie nicht lediglich das Recht der Satzungsautonomie zu verstehen, sondern die Fähigkeit, auf rechtlichem Gebiet, bei Finanzen, Personal und Organisation unabhängig von staatlicher Einflussnahme zu sein. Dabei bewegt sich der Grad der Autonomie zwischen den Gewährleistungen des Art. 5 Abs. 3 S. 1 GG und der Bindung an die Staatsgewalt aus Art. 20 Abs. 2 GG.
Die 10. Mitgliederversammlung der HRK hat im Mai 2011 in einer Entschließung die Länder im Einzelnen aufgefordert, folgende Rahmenbedingungen zu garantieren:
Aufgrund eines einstimmigen Beschlusses der 15. HRK-Mitgliederversammlung am 19.11.2013 hat der Präsident der HRK an die Ministerpräsidentin des Landes Nordrhein-Westfalen Frau Hannelore Kraft und die Ministerin für Innovation, Wissenschaft und Forschung des Landes Nordrhein-Westfalen Frau Svenja Schulze einen offenen Brief zum Referentenentwurf eines Hochschulzukunftsgesetzes gerichtet. Darin werden die Eingriffe in die Hochschulautonomie, die durch diesen Entwurf ermöglicht würden, kritisch beleuchtet.