Als Träger der Hochschulen stellen die Bundesländer die Grundfinanzierung der Hochschulen sicher. Insgesamt kommen fast 90 Prozent der Finanzmittel der Hochschulen von der öffentlichen Hand - der weit überwiegende Teil von den Ländern (ca. 75 Prozent); der Bund ist an der Finanzierung von Forschungsprojekten, über Sonderprogramme (u.a. Exzellenzinitiative bzw. künftig Exzellenzstrategie, Hochschulpakt, Professorinnenprogramm) sowie sogenannte Forschungsbauten in die Finanzierung von Hochschulen eingebunden (ca. 15 Prozent). Ca. 10 Prozent der Mittel fließen aus privaten Quellen. Sie resultieren zum großen Teil aus der Auftragsforschung, sie umfassen aber auch Wissenschaftsförderung durch private Spender (Mäzenatentum), Sponsoring von Hochschulaktivitäten und Einnahmen aus Studienbeiträgen.
Der Bund ist in der jüngeren Vergangenheit ein immer wichtigerer Faktor in der Hochschulfinanzierung geworden. Die Nachfrage nach einem Hochschulstudium hat deutlich zugenommen, was enorme zusätzliche Investitionen in die Kapazitäten der Hochschulen erforderte. Gleichzeitig wurden Forschung und Innovation im globalen wirtschaftlichen Wettbewerb immer wichtiger, was ebenfalls eine verstärkte staatliche Förderung verlangte.
Die Länder als Träger der Hochschulen hatten zunehmend Schwierigkeiten, für eine ausreichende Grundfinanzierung der Hochschulen zu sorgen. Sie sind in ihren Haushalten durch bundesseitig vorgegebene Verpflichtungen, vor allem im Bereich der Sozialausgaben, stark gebunden. Den steigenden Ausgaben im Bildungsbereich stehen auch keine Möglichkeiten gegenüber, eigene Einnahmen zu generieren.
So hat der Bund seine Aufwendungen für die Forschung fortlaufend gesteigert. Und um der hohen Nachfrage nach einem Hochschulstudium entsprechen zu können, wurde im Jahre 2007 von Bund und Ländern der Hochschulpakt auf den Weg gebracht.
Da der Bund nur befristet Mittel zur Verfügung stellen konnte, hat sich die Finanzierungsstruktur der Hochschulen nachteilig verändert. Programm- und Projektmittel stiegen zulasten der Grundfinanzierung mit dem Ergebnis, dass Daueraufgaben an Hochschulen in immer größerem Umfang mit befristeten Mitteln bestritten werden mussten.
Nachdem 2006 im Zuge der sogenannten Föderalismusreform die Mischfinanzierungen von Bund und Ländern zunächst reduziert worden waren, setzte unter dem Eindruck der Entwicklungen an den Hochschulen eine längere Debatte über eine Grundgesetzänderung ein, die dem Bund erweiterte Mitfinanzierungsrechte einräumen sollte.
Eine entsprechende Grundgesetzänderung trat zum 1.1.2015 in Kraft. Während der Bund in der Vergangenheit lediglich im Bereich der Forschung mitfinanzieren durfte, ihm aber eine dauerhafte Finanzierung im Bereich der Lehre an Hochschulen durch das sogenannte Kooperationsverbot untersagt war, kann er nun auch zur Finanzierung der Lehre beitragen. Ob und in welchem Umfang aber diese erweiterten Möglichkeiten aufgegriffen werden, ist bisher nicht entschieden.
Seitens des Bundes wurde wiederholt die Auffassung vertreten, dass er weiterhin im gewachsenem Umfang zur Finanzierung der Hochschulen beitragen, dabei aber nicht in die Grundfinanzierung eingreifen, sondern gezielt Finanzanreize setzen wolle, um bestimmte Entwicklungen einzuleiten.
Die Hochschulrektorenkonferenz hat eine Kehrtwendung in der Hochschulfinanzierung gefordert. In ihrem „Zwei-Säulen Plus-Modell“ fordert sie, dass die heute im Rahmen des Hochschulpakts an die Hochschulen fließenden Mittel verstetigt, also in Grundmittel überführt werden (Säule 1).
Daneben benötigten die Hochschulen zusätzliche Mittel für Hochschulbau und -sanierung, Digitalisierung, Overhead, Nationallizenzen etc., um national im Wettbewerb mit den außeruniversitären Forschungseinrichtungen und international mit ausländischen Hochschulen bestehen zu können. Diese zusätzlichen Mittel könnten auch im Rahmen von Programmen vergeben werden (Säule 2).
Der Anteil der Grundmittel solle aber 75 Prozent betragen. Zudem sei es erforderlich, dass die Grundmittel (Säule 1) einen kontinuierlichen Aufwuchs erfahren, wie er den außeruniversitären Forschungseinrichtungen im Rahmen des Pakts für Forschung und Innovation garantiert ist.
Die HRK hat eine ausführliche Stellungnahme zur Hochschulfinanzierung und den Problemen, die aus der veränderten Finanzierungsstruktur resultieren, verabschiedet: Entschließung zur Finanzierung der Hochschulen, 11. Mitgliederversammlung am 22.11.2011
Konkrete Beipiele für ein finanzielles Engagement des Bundes hat die HRK ebenfalls in einer Entschließung benannt: "Künftiger Beitrag des Bundes zur Finanzierung der Hochschule", 124. Senat am 11.6.2013
Das „Zwei-Säulen Plus Modell“ ist in der Entschließung „Finanzierung des Hochschulsystems nach 2020“ der 22. Mitgliederversammlung vom 9.5.2017 beschrieben.
Mit dem "Zukunftsvertrag Studium und Lehre stärken", der in Nachfolge des Hochschulpaktes im Juni 2019 von Bund und Ländern vereinbart wurde, ist ein dauerhafter Einstieg des Bundes in die Finanzierung der Lehre erreicht. Damit wurde einer langjährigen Forderung der Hochschulrektorenkonferenz Rechnung getragen.